税收筹划基础不稳导致的风险，中小企业开展税收筹划，需要良好的基础条件。税收筹划基础是指企业的管理决策层和相关人员对税收筹划的认识程度，企业的会计核算和财务管理水平，企业涉税诚信等方面的基础条件。如果中小企业管理决策层对税收筹划不了解、不重视、甚至认为税收筹划就是搞关系、找路子、钻空子、少纳税；或是企业会计核算不健全，账证不完整，会计信息严重失真，甚至企业还有偷逃税款的前科，或违反税法记录较多等等，造成税收筹划基础极不稳固，在这样的基础上进行税收筹划，其风险性极强。这是中小企业进行税收筹划主要的风险。
税法规定企业负债利息允许在计算其应纳税所得额时按规定扣除，在理论上一般认为负债融资对企业具有节税效应，有利于提高权益资本的收益水平，可以优化企业的资本结构。然而，在事实上负债融资的上述效应，只有在负债成本低于息税前的投资收益时才具有实际意义。当负债成本超过息税前的投资收益时，负债融资就会呈现出负的杠杆效应，这时权益资本收益率会随着负债额度和比例的提高而下降。而且随着企业的负债比率的提高，企业的财务风险及融资的风险成本也必然随之增加，所以，企业进行税收筹划，如不把企业各种目标联系起来考虑，只以税负轻重作为选择纳税方案的标准，有可能会导致企业总体收益的下降，终拣了芝麻，丢了西瓜。
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